Σύμφωνα με την παράδοση τα χρώματα (κόκκινο - άσπρο) της σημαίας της Μάλτας δόθηκαν από τον Κόμη Ρογήρο Α΄ της Σικελίας το 1091. Στην επάνω γωνία όπως κυματίζει η σημαία (στο τετράγωνο του άσπρου φόντου) είναι ο Σταυρός του Γεωργίου, με κόκκινο περίγραμμα.
Με τον Σταυρό αυτό βραβεύτηκε όλος ο πληθυσμός της Μάλτας από τον βασιλιά Γεώργιο ΣΤ' για την «εξαιρετική γενναιότητα και τόλμη» του στη διάρκεια του Δεύτερου Παγκόσμιου Πολέμου. Η σημαία της Μάλτας κατέχει τη διεθνή πρωτοτυπία να είναι η μόνη εθνική σημαία στον κόσμο που να φέρει σχέδιο από μια άλλη χώρα (στην περίπτωση αυτή, το Ηνωμένο Βασίλειο).
Η σημαία αυτή καθιερώθηκε στις 21 Σεπτεμβρίου 1964, όταν η χώρα έγινε ανεξάρτητη.
