Το Θησείο πήρε το όνομα του από ένα λάθος.
Στην περιοχή και συγκεκριμένα στον λόφο της αρχαίας αγοράς βρίσκεται ο ναός του Ηφαίστου, ο οποίος έχει ανάγλυφες παραστάσεις στις μετώπες του.
Η αρχική ερμηνεία ήταν πως στις μετώπες αναπαρίσταντο άθλοι του Θησέα και έτσι η περιοχή συσχετίστηκε με τον μυθικό ήρωα και πήρε το όνομά του.
Αργότερα, οι έρευνες των αρχαιολόγων απέδειξαν πως η ερμηνεία ήταν λάθος, αλλά το όνομα διατηρήθηκε.
Το σημείο αυτό κάποτε λεγόταν Αλώνια
Το Θησείο, λοιπόν, ακόμη και μέχρι τα πρώτα χρόνια της ανεξάρτητης Αθήνας το αποκαλούσαν Αλώνια. Ήταν τότε ξεκίνησε να οργανώνεται η ρυμοτομία της Αθήνας και παράλληλα άρχισε να εκπονείται το πρώτο σχέδιο πόλης, από τους Κλεάνθη και Σάουμπερτ. Γιατί όμως ονομαζόταν Αλώνια.
Στην πραγματικότητα κάποτε εκεί που βρίσκεται σήμερα η πλατεία του Θησείου, υπήρχαν όντως αλώνια στην πλατεία έξω από τον σταθμό του ηλεκτρικού. Αυτά τα αλώνια, μάλιστα σημειώνονται στα σχέδια των Κλεάνθη και Σάουμπερτ.