Ἡ Σαντορίνη στὴν ἀρχαιότητα ὀνομαζόταν Στρογγύλη λόγῳ τοῦ κυκλικοῦ σχήματός της τὸ ὁποῖο ἄλλαξε μὲ τὴν ἔκρηξη τοῦ ἡφαιστείου τὸ 1650 π.Χ. καὶ τὸ κεντρικὸ μέρος τοῦ νησιοῦ βυθίστηκε σχηματίζοντας ἔτσι τὴν Καλντέρα. Οἱ Φοίνικες τὴν ὀνόμαζαν Καλλίστη καὶ οἱ Δωριεῖς Θήρα.
Τὸ ὄνομα Σαντορίνη τὸ πῆρε τὸν 12ο αἰῶνα ἀπὸ τοὺς Φράγκους ποὺ τὴν ἔλεγαν «Σάντα Ἰρένε», δηλαδὴ Ἁγία Εἰρήνη. Ἡ ἔκρηξη τοῦ ἡφαιστείου ἦταν καὶ ὁ σημαντικὸς λόγος – κατὰ μεγάλη μερίδα μελετητῶν – ἀποκοπῆς τῆς μεγάλης ἀνάπτυξης τοῦ νησιοῦ ἀφοῦ μέχρι τὸ 2000 π.Χ. ἄνθιζε ὁ Μινωικὸς πολιτισμός.
Λέγεται μάλιστα ὅτι ὅλο τὸ Αἰγαῖο σκοτείνιασε καὶ τὰ κύματα κατέστρεψαν τὸν πολιτισμὸ τῆς Κρήτης καὶ τῆς Αἰγύπτου.
Ἕνα κοσμογονικὸ γεγονὸς ὅπως εἶναι ἡ ἔκρηξη τοῦ ἡφαιστείου τῆς Σαντορίνης πρὶν ἀπὸ 3.500 χρόνια εἶναι φυσικὸ ἑπόμενο νὰ ἀπασχολεῖ τὸν ἐπιστημονικὸ κόσμο μέχρι καὶ σήμερα, ἐνῷ ἀκόμη οἱ ἀρχαιολόγοι δὲν ἔχουν καταφέρει νὰ συμφωνήσουν σὲ μία ἀπόλυτη χρονολόγηση τῆς ἔκρηξης.
Ὁ Κρητικὸς Πολιτισμὸς τῶν μινωικῶν χρόνων, ὁ πρῶτος μεγάλος πολιτισμὸς ποὺ ἀναπτύχθηκε στὴν Εὐρώπη, γεννήθηκε καὶ ἄκμασε στὴν Κρήτη. Πάνω στὴν ἀκμή του καταστράφηκε καὶ ἐξαφανίστηκε γιὰ πάντα, ἀφήνοντας μόνο ἐντυπωσιακὰ δείγματα τῆς ἀνωτερότητας του. Τὸ ἀνεξήγητο τέλος τοῦ πολιτισμοῦ ὁδήγησε πολλοὺς ἀρχαιολόγους, μεταξὺ τῶν ὁποίων ὁ καθηγητὴς Σπύρος Μαρινᾶτος καὶ ὁ Ἄγγλος Ἔβανς, νὰ συνδέσουν τὴν καταστροφὴ τοῦ Μινωικοῦ Πολιτισμοῦ μὲ τὴν ἔκρηξη τοῦ ἡφαιστείου τῆς Σαντορίνης.
Κάπου ἀνάμεσα στὸ μῦθο καὶ τὴν ἱστορία, οἱ ἀρχαιολόγοι καὶ οἱ ἐπιστήμονες συνέδεσαν τὰ δύο γεγονότα, θεωρῶντας ὅτι ἡ καταστροφὴ τοῦ μινωικοῦ πολιτισμοῦ προκλήθηκε ἀπὸ τὴ βίαια ἔκρηξη τοῦ ἡφαιστείου τῆς Σαντορίνης.
Ἀρχικὰ πίστευαν ὅτι ἡ ἔκρηξη τοῦ ἡφαιστείου ἔγινε τὸ 1450 π.Χ, τότε δηλαδὴ ποὺ καταστράφηκαν τὰ Μινωικὰ Ἀνάκτορα, ἀλλὰ σήμερα λέγεται ὅτι ἡ ἔκρηξη ἔγινε νωρίτερα, κάπου μεταξὺ τοῦ 1627 καὶ 1600 π.Χ.
Τὸ κοσμογονικὸ γεγονὸς τῆς ἔκρηξης τοῦ ἡφαιστείου δὲν θὰ μποροῦσε νὰ ἀφήσει ἀλώβητη τὴν Κρήτη, ποὺ βρίσκεται τόσο κοντὰ στὴ Σαντορίνη.
Ἡ ἠφαιστειακὴ τέφρα τοῦ ἡφαιστείου τῆς Σαντορίνης λέγεται ὅτι σκέπασε τὴ μινωικὴ πόλη στὸ Ἀκρωτήρι τῆς Θήρας, κάλυψε τὸν οὐρανὸ τοῦ Αἰγαίου καὶ ἔφτασε μέχρι τὴν Κρήτη. Ἡ ἔκρηξη προκάλεσε ἐπίσης ἕνα τεράστιο τσουνάμι, μὲ κύματα ὕψους ἄνω τῶν 10 μέτρων νὰ πλήττουν τὶς ἀκτὲς τῆς Κρήτης κι ἄλλων νησιῶν τοῦ Αἰγαίου. Τὸ τσουνάμι προκάλεσε τεράστιες καταστροφές, ἐνῷ ἡ τέφρα ποὺ ἔπεσε στὴ θάλασσα μόλυνε τὸ νερὸ καὶ σκότωσε τὴ θαλάσσια ζωή.